我国水产品总产量连续20多年居世界第一，其中，水产养殖产量远远超过捕捞产量，而且仍在快速增长，这在世界上绝无仅有。水产养殖对生态环境的依赖性很强，随着我国水产养殖集约化不断加强，农村规模化水产养殖内源性污染越来越严重，不仅影响水产养殖环境质量、威胁水产品本身质量安全，而且对养殖区域外的生态环境造成污染。

　　污染原因多样化

　　第一，管理部门缺乏沟通和协调。调研发现，各地县级、乡镇级主管水产养殖的机构设置不一致，多数是与省级主管部门一样，在农业部门内设畜牧水产局（处、科），而不少地方是将水产养殖机构设在水务部门或者设立水利水产机构，甚至有些地方将水产养殖机构设在海事海关部门。如果农业部门、水利水电部门甚至海事部门缺乏与环保部门的沟通协调机制，就会导致对有关水体的片面开发而忽视养殖污染防治。

　　第二，无序发展。调研发现只要有湖泊水库的地方就有大片网箱或围网养殖，有河流的地方就拦河成坝、无大河但水源较多的地方则连片挖地成塘，进行水产养殖，甚至依靠抽取地下水补给水量。而且，农村规模养殖多由村民分别承包单干或者联营，不少水产养殖户甚至没有任何相关证件，也缺少养殖的有关记录。

　　第三，沿袭传统粗放的养殖方式。尤其是采取场地承包方式进行养殖的养殖场，缺少专业技术人员，对多投放的饵料以及水产排泄物和死尸也只是简单打捞、处理，结果导致养殖水域病菌滋生、腥臭难除，直接影响到外界环境。

　　第四，养殖品种选择方式易造成物种“污染”。水体生态物种的相对单一，造成水体生态系统的脆弱，这是物种“污染”的一种表现。此外，养殖品种的选择“随着市场走，市场上什么水产好销就试着养什么，只要在本地产量高”。未经环境影响评价而引进非本地水产品种，存在外来生物入侵的巨大风险。