明清以来，在大量闽粤居民迁徙到台湾的过程中，也将其民间信仰带到台湾，并在历史的发展中逐渐形成一些区域性特色。

　　第一，民间信仰所崇拜的神祇种类繁多且以人物崇拜居多。据《台湾省寺庙教堂调查表》记载，台湾地区的主祀神多达247种。除19种佛教神、13种道教神、20种自然崇拜神、1种庶物崇拜神外，其余194种都是诸如妈祖、关帝等灵魂崇拜之神。真正与民众生活密切，影响巨大的是民间信仰，例如妈祖，台湾岛内就有三分之二的人信仰。同时，台湾民间信仰的神明以闽籍居多且相对比较集中。据1981年统计数字，台湾民间信仰近300种神明，其中前20位神明的寺庙占总数的83%以上。妈祖、王爷、保生大帝、清水祖师、开漳圣王、广泽尊王、开台圣王等闽地或闽籍神明位置明显靠前。

　　第二，台湾民间神明大多被赋予救助海难权能且神通广大。险恶的台湾海峡因受季风影响，海水流速高，漩涡大，海面伴有不同颜色的斑纹，素有“黑水沟”之称。往来船舶一旦陷入漩涡，不是触礁沉没就是不知去向。即便侥幸登岛，大多也因为不适应那里的水土而生病致死。为摆脱各种恐惧不安，渡海移民者只能祈求和依靠神灵的护佑。由于地理上的海洋性特点，使台湾民间信仰神明大多被赋予“入海能搏浪救生，进山能扶伤治病” 的职能，即便是原本从河洛地区传来的神灵也是如此。如关帝爷本为军神（或兵神、武神）、财神，传入闽粤等地后已变成无所不能、无所不管的保护神。奉祀入台后同样神通灵验，在台湾为数众多的神明中位置明显靠前。又如城隍，本非海神，可是在平潭等地，人们出海前均向城隍祈求平安。至于海上保护神妈祖，在台湾民间信仰中的地位及影响更是远远超过妈祖的故乡福建。这些都是移民为适应新的环境所作的权益性调整。

　　第三，台湾民间信仰区域特色鲜明且具有较强的祖籍乡土观念。由于明清时期实行海禁，迁入台湾的闽粤移民比较零散，不易组成较大的家族集团。所以，台湾的民间信仰不像大陆那样具有明显的宗族性，而是具有较强的区域特色和祖籍乡土观念。如漳州的开漳圣王、三平祖师，泉州的清水祖师，嘉应州的三山国王，汀州的定光古佛，福州的五福大帝等彼此间带有较明显的排斥性。在台湾，泉州籍人一般不奉开漳圣王，漳州籍人一般不奉定光古佛。来自不同地域的移民一旦发生纠纷，对方的神像神庙往往成为攻击和破坏的主要对象。如在清代台北漳泉分类械斗中，泉州籍人故意攻击漳州籍人的开漳圣王庙，并捣毁其庙宇，损坏其神像。这表面上是为争水争地发生的械斗，实质上是不同地域移民的信仰意识冲突。