在形而上学重新兴起的时代背景下，自然主义者追随科学研究的方法论，拒绝传统哲学的先验方法，广为借鉴当前自然科学的最新成果，要求一种自然主义的形而上学或者本体论。

　　本体论自然主义与方法论自然主义

　　在本体论上自然主义者倾向于认为，最受尊重的自然科学中所推设的物项是世界上仅有的且真正存在的物项，世界中只有自然力量在起作用，没有什么超自然的或灵魂的规律和力量，我们所在的物理世界是因果闭合的，数学、真、抽象事物、可能世界甚至精神、心灵等都是虚构的或者可缩减的，并非真实的存在。方法论上的自然主义者认为，哲学和科学从根本上来说从事着同样的事业，有着相似的目标和研究方法，科学方法是认识事物的最可靠方法，也应该应用于哲学研究；他们不认同传统哲学研究中规范的、先验的认识论，甚至认为方法论应该成为经验心理学的一章，理性不过是生物进化来的自然能力。

　　然而，自然主义内部这两个元论题的论断能否协调一致？昆斯（Robert C. Koons）就论证了全面的自然主义是自相矛盾的。也正是出于类似的担忧，一些哲学家对不同的自然主义立场做了区分，比如早期的R.B.培里区分的朴素的自然主义和批判的自然主义，普莱斯（Huw Price）区分的蒯因式自然主义和埃里亚式自然主义。笔者认为自然主义是否能在本体论上有所作为是很有疑问的，这源于自然主义要参照自然科学给出本体论论断，但自然科学到底告诉了我们关于这个世界的什么真相，这是科学哲学讨论的一个核心话题，而关于这个问题并没有一致的看法，并且有着实在论和反实在论的基本分歧。

　　科学实在论帮助自然主义作本体论断定

　　自然主义者认为理想科学可以协助哲学家回答形而上学问题，然而，暂撇开理想科学是否存在的疑问不说，科学到底能告诉我们什么，这首先就是个哲学立场问题。反实在论对本体论问题不做断定，显然不满足自然主义的形而上学诉求。那么，科学实在论是自然主义的选择吗？

　　科学实在论认为，科学理论是关于世界的真实描述，而不仅仅是具有经验恰当性的工具；科学理论所揭示的实在性是独立于认知主体的；关于实体、过程、性质、关系等的科学论断按字面解释是有真值的，科学理论的真或假的前提是该理论所谈及的实体是否存在。

　　科学实在论也有不同的形态，实体实在论认为科学理论所描画的实体应被看作实在的，并且是可操作的；结构实在论则不断定实体的存在，而是把科学研究各要素间的关系结构看作是实在的。无论如何，科学实在论对研究对象的实在性做了承诺，将这种立场贯彻到形而上学中，的确能够帮助自然主义做出本体论断定。